民進黨執政明顯鍾愛海軍陸戰隊擔任中樞衛戍近衛隊，負責台北防務，但首都衛戍部隊緊急指揮體系卻可能各自為政。

學者擔心，若台北市衛戍作戰真的發生，屆時憲兵司令部轉化的衛戍區指揮部，有無適當的指揮架構與指揮設施？能否找到數量足夠且資歷完整的作戰參謀？都有不少討論空間。